Jupyter

Do poniższego poradnika wymagane jest ukończenie sekcji SSH.

Wskazówka

Zalecane jest użycie sesji interaktywnej na węźle obliczeniowym oraz multipleksera terminala podczas realizacji tego poradnika.

Bezpośrednio po zalogowaniu do węzła obliczeniowego widoczne są tylko podstawowe programy. Aby skorzystać z innego oprogramowania konieczne jest zmodyfikowanie środowiska użytkownika za pomocą systemu modułów środowiskowych.

Moduł zawiera w sobie informację o oprogramowaniu oraz metodzie jego udostępnienia dla użytkownika. Po jego załadowaniu środowisko zostanie rozbudowane o nowe funkcje. Analogicznie wyładowanie modułu je usunie. Modły mogą być ze sobą łączone, mogą posiadać zależności (jeden moduł ładuje inne) oraz wchodzić ze sobą w konflikt (jeden moduł nie może być jednocześnie załadowany z innym).

Conda to narzędzie ułatwiające zarządzanie oprogramowaniem języka Python. W klastrze dostępne są dystrybucje Anaconda i Miniconda. Pierwsza z nich zawiera zestaw oprogramowania w bazowym środowisku, a druga tylko minimalny służący do konstrukcji własnych środowisk.

Aby rozpocząć pracę z Jupyterem należy załadować moduł anaconda:

module load anaconda

Znak zachęty powinien ulec zmianie poprzez dodanie nazwy środowiska, w tym wypadku bazowego, przed nazwą użytkownika:

(base) s123456@g1n1:~$

Za pomocą polecenia conda list jupyter możemy sprawdzić jakie pakiety Jupytera dostępne są w bazowym środowisku:

# packages in environment at /projects/wmi_conda/anaconda/2024.02-1:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
jupyter                         1.1.1            py314h06a4308_0
jupyter-lsp                     2.3.0            py314h06a4308_0
jupyter_client                  8.9.1            py314h06a4308_0
jupyter_console                 6.6.3            py314h06a4308_1
jupyter_core                    5.9.1            py314h06a4308_0
jupyter_events                  0.12.1           py314h06a4308_0
jupyter_server                  2.20.0           py314h06a4308_0
jupyter_server_terminals        0.5.4            py314h06a4308_0
jupyterlab                      4.5.9            py314h06a4308_0
jupyterlab-variableinspector    3.2.4            py314h06a4308_1
jupyterlab_pygments             0.3.0            py314h06a4308_0
jupyterlab_server               2.28.0           py314h06a4308_1
jupyterlab_widgets              3.0.16           pyhd3eb1b0_2

Należy uruchomić Jupyter Lab w trybie nasłuchu na wszystkich adresach aby można było się do niego połączyć z przeglądarki na innym komputerze (wymagana jest sieć WMI lub VPN):

jupyter lab --ip 0.0.0.0

Z wypisanych komunikatów należy wybrać adres w domenie cluster.wmi.amu.edu.pl oraz skopiować jego całość do przeglądarki internetowej, przykładowo:

Or copy and paste one of these URLs:
    http://g1n1.cluster.wmi.amu.edu.pl:8888/lab?token=ABCDE